计算所对刘雷做出以下处理：取消五年内专业技术岗位晋升的申请资格；取消三年内科研项目的申请资格；全所范围内通报批评；岗位等级从工程师降一级为助理工程师。
“木兰换皮”事件引起学界广泛关注后，1月23日，中科院计算所公开了对涉事人、计算所员工刘雷的处罚细节。
根据调查小组和计算所科研道德管理委员会的调查结果，认定刘雷是计算所员工，工程师岗位，硕士学位，博士研究生学历，不是“副研究员”；刘雷同时是中科智芯公司的负责人，带领团队开发了面向青少年编程教育的“木兰”语言，“木兰”语言分为MiniLua和u
Lang前后两个版本；u
Lang以Python为基础，在语法上做了一些C++风格的修改，刘雷团队实现了编译器前端，语言后端和运行环境直接使用Python系统，宣传“完全自主设计、开发和实现的编程语言”属虚假陈述。
计算所称，刘雷工作期间，作为课题负责人一共获得过五项企业委托课题，作为课题组成员参与课题七项，承担一项所内创新项目（已追回），“木兰”语言项目未获得过国家科研项目资助。
鉴于刘雷在“木兰”语言的宣传活动中存在欺瞒、虚假陈述和夸大宣传的行为，违背了科学共同体公认的道德，也违反了计算所的管理制度，产生了十分巨大的社会负面影响，不过考虑到其经批评教育确有悔改表现，能主动承认错误积极配合调查，计算所对刘雷做出以下处理：取消五年内专业技术岗位晋升的申请资格；取消三年内科研项目的申请资格；全所范围内通报批评；岗位等级从工程师降一级为助理工程师。
计算所对“木兰”语言事件进行深刻检讨与反思，认识到对“学术不端”、科研宣传浮夸等问题的警示教育不足；管理人员对科研宣传工作的严肃性认识不到位，存在管理漏洞；实验室业务主管对科研工作对外报道的严谨性不够，把关不严。计算所已经责令相关管理人员做出检讨，将以此事为戒，加强学术不端和学术伦理警示教育，加强宣传规范等制度建设，加强对计算所参股公司的监督，坚决杜绝此类事情的发生。
中科院计算所陈云霁研究员评论称：“严谨求实是每位计算所人、每位科研人员必须有的精神。”
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